Bruno, ele criou no diretório que está o script, porque é nesse diretório que está o script, e não tem nada indicando o diretório que o arquivo.zip deve ser gerado.
Desse jeito você tem 2 maneiras de resolver.
a primeira é do jeito que o Carlos falou, mas ali o zip irá criar na home, então o certo seria:
zip ~/workspace/backup.zip -qr ~/workspace/
Mas isso pode ser colocado o caminho absoluto, e para qualquer diretório que seu usuário tenha permissão.
Ou fazer o script rodar, gerar o zip e depois colocar no diretório que deseja.
zip backup.zip -qr ~/workspace/
mv backup.zip ../workspace/
echo "Backup realizado com sucesso"
Assim ele irá criar e depois mover para o diretório que você escolher.
Espero ter ajudado.