Arquivo criado no diretório incorreto

Bruno, em qual diretório você estava antes de entrar com o comando zip?

Você pode descobrir através do comando

$ pwd

Bruno o comando zip backup.zip -qr ~/workspace/ vai criar o arquivo no diretório que o script estiver rodando, para salvar em outro diretório você precisa indicar o caminho no script alterando a linha para por exemplo:

zip ~/backup.zip -qr ~/workspace/

O arquivo backup.zip será criado no diretório do seu usuário.

Bruno, ele criou no diretório que está o script, porque é nesse diretório que está o script, e não tem nada indicando o diretório que o arquivo.zip deve ser gerado. Desse jeito você tem 2 maneiras de resolver. a primeira é do jeito que o Carlos falou, mas ali o zip irá criar na home, então o certo seria:

zip ~/workspace/backup.zip -qr ~/workspace/

Mas isso pode ser colocado o caminho absoluto, e para qualquer diretório que seu usuário tenha permissão. Ou fazer o script rodar, gerar o zip e depois colocar no diretório que deseja.

zip backup.zip -qr ~/workspace/
mv backup.zip ../workspace/
echo "Backup realizado com sucesso"

Assim ele irá criar e depois mover para o diretório que você escolher. Espero ter ajudado.