Olá Leonardo, tudo bem =D
Duas perguntas,
Quando você coloca o footage em uma sequencia de 25FPS parece "travar" apenas no premiere, ou no render também?
A outra é, para qual é a finalidade do seu vídeo, é sempre bom saber para entender como devemos definir a saida do material, é web? Youtube? Vimeo? ou pra passar em outro lugar?
Tendo feito a pergunta, ele provavalmente da esta sensação de "travando" por que o software esta precisando inserir 60 quadros do material original dentro de 25 quadros forçados pela sequencia, então existe uma compensação e por isso os frames que existem em excesso tendem a ser cortados pelo software para conseguir reorganizar os elementos, porém não deveria ser tão perceptível este "travar" por que o software tem conteúdo o suficiente para tratar e inserir em 25FPS, normalmente é mais visível no sentido contrário da coisa, se você tivesse um vídeo gravado em 25FPS e fosse levar para uma sequencia de 60.
O CBR de 12 é uma quantidade talvez baixa para que o seu vídeo consiga interpretar em tempo habil o material que você esta criando, com a baixa quantidade de Bits para ele renderizar os quadros pode ser que esteja causando esses pontos de trava, eu aumentaria o BTS para 60 devido o vídeo ser provavelmente em full HD.
Existem dois episódios do podcast layerspontotech onde abordo sobre esses temas, e podem te ajudar =D
O que é FPS:
CODECS e BITRATE
Espero que ajude ^^. Um abraço