Ao excluir um colaborador pelo id.

Consegue Colocar o codigo que você criou para apagar o colaborador ?. Para assim conseguir te ajudar.

A parte no app.js

e a no colaborador

Ok tomarei em conta que você ter algo assim

const [colaboradores,setcolaboradores] = useState({});

const deletarColaborador = (id)=>{
    setcolaborador(colaboradoresAtuais => (colaboradoresAtuais.filter(colaborador => colaborador.id !== id)))
}

colaboradoresAtuais = represente tua lista atual então não precisa pegar a varivel do State. Isso deve funcionar

Desculpe a demora, assei um temo muito mal de saúde. Ainda não deu jeito, continua apagando todos. https://github.com/Gabrielgamas/organo--v2 fiz um repositório para ver se fica mais fácil de visualizar o erro.