Oie Rodrigo, tudo bem contigo?
O eclipse costuma ter seus bugs, principalmente quanto se trata de alterar alguma configuração no web.xml. Acredito que esse problema aconteça depois de ter feito as alterações, no momento em que você salva o arquivo, certo?
Nesses casos, quando você der "ctrl + s" para salvar o arquivo, o ideal é aguardar o eclipse terminar de processar as novas configurações, pois se você ficar clicando e tentando sair da web.xml com certeza vai travar e vai dar erro. Então a melhor solução que eu consigo te dar é essa, aguarde o eclipse terminar de processas as novas configurações depois que você salvar as mudanças.
Qualquer outra dúvida fico a disposição :)
Bons estudos!