Antes de começar a utilização do Array também quero mostrar que, ao invés de copiar várias vezes o if e mudar para segredo1, 2 e 3, podemos usar a disjunção, "||", diferente do && onde todos precisam ser verdadeiros para o valor ser true, aqui somente um dos valores precisa ser verdadeiro para que seja true.
        <script>
            var input = document.querySelector("input")
            input.focus()
            var segredo1 = 1
            var segredo2 = 2
            var segredo3 = 3
            function verifica(){
                        if(input.value == segredo1 || input.value == segredo2 || input.value == segredo3){
                        document.write('Você acertou :)')
                    }else{
                        window.alert(`Você errou tente novamente`)
                    }
                    input.value=""
                    input.focus()
                }
            var botao = document.querySelector("button")
            botao.onclick = verifica
        </script> 
            