Antes de começar a utilização do Array também quero mostrar que, ao invés de copiar várias vezes o if e mudar para segredo1, 2 e 3, podemos usar a disjunção, "||", diferente do && onde todos precisam ser verdadeiros para o valor ser true, aqui somente um dos valores precisa ser verdadeiro para que seja true.
<script>
var input = document.querySelector("input")
input.focus()
var segredo1 = 1
var segredo2 = 2
var segredo3 = 3
function verifica(){
if(input.value == segredo1 || input.value == segredo2 || input.value == segredo3){
document.write('Você acertou :)')
}else{
window.alert(`Você errou tente novamente`)
}
input.value=""
input.focus()
}
var botao = document.querySelector("button")
botao.onclick = verifica
</script>