Parece que você quer duas aplicações em AngularJS, cada uma com seu index.html e suas parciais. É isso? Se for, continua sendo SPA, mas com duas aplicações separadas.

Usar AngularJS sem ser SPA até é possível, mas não é a proposta principal do framework.

Acho que estou entendendo. Duas aplicações, cada uma com seu index, etc. até mesmo com main.js diferente? E não teria problemas com o routeProvider? Por usar o redirectTo com o otherwise, pois ambas as aplicações ficarão no mesmo domínio.

E usando o sistema da aula por exemplo, que se encontra dentro da pasta Public no servidor, se fossem 2 aplicações angular, dentro da pasta public, eu teria as 2 pastas separadamente? Ou ficaria 1 index direto na raiz do public e outra index, partials, main.js dentro de outra pasta?

Poderia me dar uma ajuda de como seria a estrutura de arquivos no caso de ter 2 ou mais aplicações de angular em um único projeto?

Obrigado novamente :D

Seriam dois projetos, cada um dentro de sua pasta no servidor. Pelo menos é isso que eu entendi do seu problema. Como você vai organizar, isso depende da arquitetura da sua aplicação.

Já esclareceu minha dúvida, Muito obrigado pela ajuda! :D