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Anaconda e bibliotecas

Boa tarde,

Quando comecei a programar me aconselharam a utilizar o Anaconda (https://www.anaconda.com/) uma vez que ele auxilia no controle das bibliotecas, versões e etc. Entretanto, ultimamente venho me deparando com um problema relacionado a isso.

Venho desenvolvendo códigos em python para na aquisição de dados (webscrappers, APIs,...) e faço a automação desses utilizando arquivos .bat (batch files) e o agendador de tarefas do Windows (Task Scheduler). E como o Anaconda "guarda as bibliotecas para ele" estou tendo problemas com esse método uma vez que sempre preciso reinstalar as bibliotecas ou algo nesse sentido.

Podem me informar uma solução/ método mais prático/ configuração do Anaconda ou qualquer coisa que me auxilie nas minhas tarefas?

Desde já agradeço o auxílio.