Solucionado (ver solução)
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An exception occurred while executing 'INSERT INTO medico (crm, nome) VALUES (?, ?)' with params [12336, "segundo medico"]:

Erro.

SQLSTATE[HY000]: General error: 8 attempt to write a readonly database

<?php

namespace App\Entity;
use Doctrine\ORM\Mapping as ORM;

/**
 * @ORM\Entity()
 */
class Medico
{
    /**
     * @ORM\Id
     *@ORM\GeneratedValue
     *@ORM\Column(type="integer")
     */
    public $id;
    /**
     * @ORM\Column(type="integer")
     */
    public $crm;
    /**
     * @ORM\Column(type="string")
     */
    public $nome;

}
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solução!

o erro dava por conta de nao ter permissão para alteração na pasta var. Alterado isso deu certo. (utilizo linux)