Alternativa ao JIRA

Existem diversas ferramentas, mas nenhuma tão completa quanto as versões mais cara do JIRA, as que conheço são: https://www.thoughtworks.com/mingle/pricing/ free até um certo numero de membros.

Não usei mas dizem que serve para fazer o controle de historias e são mais simples e free: B.A.S.I.C.O Story mapping

Existe uma da microsoft mas que também é paga

Usávamos o Redmine na empresa que eu trabalhava. Ele é totalmente opensource e chatinho de configurar. Chatinho justamente porque ele permite fazer quase qualquer coisa. Você tem total liberdade para definir seu workflow conforme seus critérios. É realmente poderoso!

Além disso, tem muitos plugins disponíveis para download.

O Jira realmente é muito bom e tem suas facilidades(caso contrário não justificaria o investimento não é?), mas o Redmine também é poderoso demais.

Um abraço!