Oi Diego, tudo bem?
Excelente pergunta! Depende!
Voce tem tempo e é algo que vai se manter por um tempo? É só um protótipo de alta fidelidade direto no front? É uma intranet pra uma empresa?
O ideal sempre é: mantenha a semântica do seu código. Imagina dar manutencao num CSS que tem uma classe "botao-sucesso" e na real ele é vermelho?
O que eu faria: usaria o btn-primary (se for meio que a cor principal ali no contexto que voce ta).
Se a alteracao eh somente a COR, voce poderia mudar as cores padroes do Bootstrap, ai o primary poderia ficar na cor que voce precisa, e voce mantem a semantica da classe.
Mas eae? Alterar direto o Bootstrap.css? O que aconteceria num possivel update? Voce ia ter que lembrar o que alterou! Uma alternativa seria criar um "tema-do-diego.css" apenas com o que você precisa sobrescrever! Aí fica tudo isolado e você não mexe no Bootstrap, percebe o ganho a médio prazo?
Outra maneira é baixar uma versão já com esse seu tema do Bootstrap, se tiver usando a versao 3 ate rola customizar aqui direto do site dele.
Se estiver usando a versao 4, resumidamente, precisa ser feito com Sass.
Agora se é algo mais para fins de estudos, um protótipo, algo rápido, eu seria mais prático e faria o que for mais rápido.
Desculpe pelo textão, mas acabei de escrever um conteúdo a respeito então tá tudo um pouco fresco na cabeça ainda.
Espero ter ajudado e bons estudos,
Abcs!