Ao adicionar navbar-right nas classes do form de pesquisa não alinhou para a direita o botão de submit.
Para que alinhasse corretamente tive que encapsular em um div e adicionar a classe text-right no div.
Se alguém mais passar por esse problema, aqui fica o código:
<form class="navbar-form">
<div class="form-group">
<input class="form-control" type="text" name="search" placeholder="Pesquisar"/>
</div>
<div class=text-right>
<input type="submit" value="Buscar" class="btn btn-default" />
</div>
</form>