Alguém poderia me explicar melhor esse exercício?

Olá Taina, é normal ter essas dúvidas no começo sim, fique tranquila. No caso do exercício é só para adicionar um um array de funcionários (Funcionario[] funcionarios) e outros atributos:

class Empresa {
    String nome;
    String cnpj;
    Funcionario[] funcionarios;
    // outros atributos...
}

Taina, no exercício é pedido que você crie um Array de funcionários, ou seja, um array do tipo funcionários:

Funcionario[] funcionarios;

Repate que definimos o tipo do array restritamente para objetos do tipo funcionario:

funcionarios[1] = new Funcionario();
Funcionario f1 = new Funcionario();
funcionarios[2] = f1;

Também podemos ter array de String, Integer, Double, Boolean e por ai vai...

Espero ter ajudado

mas por que não só deixamos assim:

Funcionario[] ?

e sim temos que colocar Funcionario[] funcionarios; ?

por exemplo, na linguagem c declaramos assim:

int numeros[5] = {10, 20, 30, 40, 50};

Taina precisamos declarar funcionarios pois é o nome da nossa variável(atributo):

Funcionario[]

Se fizermos somente no exemplo acima o java não irá compilar pois definimos apenas um array de Funcionario porém não demos nome ao mesmo para que possamos utilizado, então devemos após definir o tipo da váriavel informar o seu nome:

Funcionario[] funcionarios

Agora em qualquer parte de código que chamarmos funcionarios estamos chamando a variável com referência a esse array, o mesmo vale para qualquer variável ou atributo em java, sempre definimos o tipo seguidamente pelo seu nome:

// variáveis
int idade = 0;
String nome = null;
boolean maiorDeIdade = true;
double total = 0.0;

// atributos
private Integer idade;
private String nome
private Boolean maiorDeIdade
private Double total;

Espero ter ajudado

Só para finalizar pegando seu exemplo em C:

int numeros[5] = {10, 20, 30, 40, 50};

No java ficaria

int[] numeros = {10, 20, 30, 40, 50};

Caso queira definir uma quantidade de elementos do nosso array:

int[] numeros = new int[5];

Repare que em ambas linguagens estamos dando um nome ao nosso array que no caso é numeros.

não esqueça de marcar o tópico como concluído caso suas dúvidas foram solucionadas, s2