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alert("Este é um popup feito com JavaScript"); precisa estar dentro do mundo Javascript e h1 não é JavaScript, logo precisa estar fora.

O código correto deveria ter sido escrito da seguinte forma:

<meta charset="UTF-8"> 
<h1>Primeiro programa</h1>
<script>
    alert("Este é um popup feito com JavaScript");
</script>
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Olá Bruno, certinho sua observação.

Vale salientar que com um

document.write("<h1>Primeiro programa</h1>");

Você consegue escrever no mundo HTML (com formatação html) a partir do mundo Javascript.

Bora continuar aprendendo!