Bom dia Thais, tudo bem ^^
Você tem razão, vamos buscar inserir esta informação no material de apoio para guiar melhor o desenvolvimento dos próximos alunos, obrigado pelo feeback ^^.
Quando você está pintando em uma camada abaixo as cores base a folha de cima (o personagem) fica po cima e por isso não tem como ver as cores, aplique um "MODO DE MESCLAGEM" na camada os traços.
1º - Selecione a camada do desenho
2º - Vá na opção que fica ao lado na propriedade de opacidade da camada, deve estar escrito normal ^^
3º - Clique nesta opção e escolha a opção multiply.
Esta propriedade permite que as cores da camada de cima se mesclem com as cores das camadas que estão abaixo dela
E no caso da opção "MULTIPLY" que eu indiquei utilizar ele deixa tudo o que for preto visível (sem sobrepor) e o que é branco ele permite sobrepor outra cor, assim você consegue pintar na camada abaixo sem passar por cima do traço e mesmo assim conseguindo ver sua pintura ^^
Espero que isto ajude, lhe desejo bons estudos =D