Oi Mariana, tudo bem?
Você pode sim usar outro programa para realizar as atividades. Embora o After Effects seja uma ferramenta amplamente utilizada, existem várias opções mobile que podem facilitar seu trabalho, especialmente se você não tem acesso a um PC.
O CapCut, por exemplo, é uma excelente alternativa para edição de vídeos no celular. Ele possui várias funcionalidades que podem ser bastante úteis na criação de vídeos de stop motion, como a possibilidade de adicionar efeitos, transições e ajustar a velocidade dos clipes.
Outra opção interessante é o aplicativo Stop Motion Studio, que é especificamente voltado para a criação de animações em stop motion e está disponível tanto para Android quanto para iOS.
Espero ter ajudado.
Qualquer dúvida estou à disposição. Até mais e bons estudos!