Eu adicionei as funcionalidades com a ajuda do google e estudos anteriores...
.tofixed(2)
Que serve para limitar a quantidade de casas decimais;
e também
.replace("," , ".")
que ser para alterar alguma coisa que foi declarada, pois a calculadora estava dando errado quando colocava a vírgula... No primeiro parêntese você coloca o item que será trocado e no segundo por qual item você deseja trocar... coloque para trocar a vírgula da altura por Ponto.
Ficou assim:
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulalinha(){
document.write("<br>")
document.write("<br>")
}
function mostra(texto){
document.write(texto);
pulalinha();
}
function calculaImc(peso, altura){
var imc = (peso/(altura*altura)).toFixed(2);
return imc
}
var nome = prompt("Olá jovem, qual seu nome?");
var peso = prompt(nome+", Qual seu peso?");
var altura = prompt(nome+", Qual sua altura em metros?").replace(',','.');
var imc = calculaImc(peso,altura);
mostra("Olá " + nome +", seu Imc é " + imc);
</script>