Crie um "&&" no if para a idade e se tem carteira, caso ela tenha idade para dirigir e não tenha carteira, não pode dirigir, se não tiver idade e tem carteira(Não sendo possível), também não vai dirigir. :) Se tiver outra forma de escrever o código, gostaria de saber como ficaria.
<meta charset="utf-8">
<script type="text/javascript">
function pulaLinha() {
document.write("<br><br>");
}
function mostra (frase){
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var idade = parseInt(prompt("Qual é a sua idade?"));
var temCarteira = prompt("Tem carteira? Digite Sim ou Não?");
if (idade >= 18 && temCarteira == "Sim"){
mostra("Pode dirigir!");
} else {
mostra("Não pode dirigir!");
}
</script>