Olá, Daniel. Tudo bem?
1) Você deve usar o git init
apenas uma vez para criar um repositório git. Se você tentar executar mais de uma vez, ele vai dizer que seu diretório já possui um repositório git.
2) Para você poder gerenciar o seu projeto, vai precisar navegar até ele. Você pode ter vários projetos diferentes e cada um deles gerenciado por um repositório git diferente.
Apesar de ter essa questão de navegar até eles, te possibilita ter vários projetos e repositórios diferentes.
O que você pode fazer é criar sua pasta de projetos num local mais próximo do inicial.
Espero ter ajudado. Se tiver alguma dúvida, é só dizer.