Olá, quando utilizo caracteres especiais ou acentos nos textos escritos através do print(), aparecem normalmente,
Porém, o que é digitado pelo usuário e capturado pelo stdin.readLineSync(), é exibido com caracteres diferentes.
Exemplo: Bem-vindo ao Bytebank! Qual é o seu nome? Ágatha Magalhães
Olá, Ãgatha Magalhães! Estamos felizes em tê-lo(a) conosco.
Olá Paulo, boa tarde!
Esse é um erro de encoding, você pode verificar se na parte inferior do seu VSCode você está utilizando o encoding UTF-8.
Mas pode ser também um problema com a sua fonte. Você tentou executar o seu código diretamente no terminal ou instalou alguma outra fonte no seu VSCode? Deixar a configuração padrão pode ajudar.