Acabei fazendo diferente, não usei o ELSE, só usei o IF mesmo e inclui a troca das cores.

<canvas width="600" height="400"></canvas>

<script>
    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');

    var cores = ['blue', 'green', 'red'];
    var indiceCorAtual = 0;

    pincel.fillStyle = 'grey';
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);

    var raio = 10;

    function desenhaCirculo(evento) {

        var x = evento.pageX - tela.offsetLeft;
        var y = evento.pageY - tela.offsetTop;

        console.log(x + ',' + y);

        if (evento.altKey && raio - 5 >= 10) {
             raio = raio - 5;
        }

        if (evento.shiftKey && raio + 10 <= 40) {
            raio = raio + 10;
        }

        pincel.fillStyle = cores[indiceCorAtual];
        pincel.beginPath();
        pincel.arc(x, y, raio, 0, 2 * 3.14);
        pincel.fill();

    }

    tela.onclick = desenhaCirculo;

    function mudaCor() {

        indiceCorAtual++;

        if(indiceCorAtual >= cores.length) {
            indiceCorAtual = 0;
        }
        return false;
    }

    tela.oncontextmenu = mudaCor;

</script>