Solucionado
Tenho uma notificação com PendingIntent, mas sempre que mando chamar a minha Activity o Intent abre uma outra Activity igual por cima. Agradeço desde já.
Intent notificationIntent = new Intent(context, MainActivity.class);
pendingIntent = PendingIntent.getActivity(context, 0, notificationIntent, PendingIntent.FLAG_UPDATE_CURRENT);Já resolvi o problema, caso alguém tenha o mesmo problema eu resolvi pelo Manifest usando o singleInstance.
<activity android:name=".MainActivity"
android:launchMode="singleInstance">
<intent-filter>
<action android:name="android.intent.action.MAIN" />
<category android:name="android.intent.category.LAUNCHER" />
</intent-filter>
</activity>