Oi Marcos, tudo bem ?
Acho que talvez tenha ficado um pouco confuso para você um pouco da semântica dos comandos.
O comando git init
serve para você inicializar o git como gerenciador de versão daquela pasta a partir desse momento.
O GitBash é só uma interface para facilitar a maneira de você trabalhar, no caso ele vai simular um ambiente linux na sua máquina, onde o git consegue agir de uma maneira um pouco melhor, contudo você ainda vai precisar navegar até chegar na pasta que você está querendo alterar, pois como você pode ter n projetos gerenciados pelo git na sua máquina, ele não saberia onde deve entrar.
Espero ter deixado um pouco mais claro.
Abraços