Verifiquei que mesmo colocando <h1Primeiro programa o popup aparece normalmente e também a informação Primeiro programa aparece normal, ou seja, colocando:
<meta charset="UTF-8">
<script>
alert("Este é um popup feito com JavaScript");
</script>
<h1>Primeiro programa</h1>OU
<meta charset="UTF-8">
<h1>Primeiro programa</h1>
<script>
alert("Este é um popup feito com JavaScript");
</script>O resultado foi o mesmo. A Pergunta é, no futuro, quando os scripts forem mais elaborados, a inversção da ordem de html. depois do javascript, pode ser problema ou a ordem não interfere?
