A minha senha é preenchida automaticamente!

<meta charset="UTF-8">

<input/> <br> <br>
<button>Logar</button>

<script>

    var login = "Felipe"

    var input = document.querySelector("input");

    var button = document.querySelector("button");

    function logar() {

        if(input.value == "Cacatua") {

            alert("O seu usuário foi confirmado, agora digite sua senha.");

            if(input.value = 1995) {

                alert("Você agora está logado no site e pode dominar o mundo.");
            }     else {

                    chances = 3
                    for(chances = 3; chances < 0; chances - 1)
                    alert("Senha incorreta, você possui mais " + chances + " chances.");
                    if(chances = 0) {

                        alert("Suas chances acabaram.");
                    }
                }

        }     else {

                alert("Nome de usuário inválido.");
            }

    }

    button.onclick = logar;

</script>

E aí, Felipe! Tudo certo? =)

Dentro do seu segundo if, você não está fazendo uma comparação, mas uma atribuição... O que você precisa fazer é alterar seu código para colocar dois =, assim:

if (input.value = 1995) {

O correto seria:

if (input.value == 1995) {

Sacou? =)

Espero ter ajudado, mas qualquer dúvida não deixe de postar por aqui!

Abraço e bons estudos,

Fábio