A mensagem de "Você errou" aparece 5 vezes, e o console do Chrome diz que há um erro "Unexpected end of input" no fim do </script>

Olá Gustavo, tudo bem? Está faltando fechar o for, ou seja, faltou uma chave abaixo do input.focus();.

Coloque a chave e teste:

<meta charset="utf-8">

<input/>
<button>Compare com meu Segredo</button>

<script>

    var segredos = [5,7,10,2,3];

    var input = document.querySelector("input");
    input.focus();

    function verifica() {

        var achou = false;

        for (var posicao = 0; posicao < segredos.length; posicao++) {

            if(input.value == segredos[posicao]) {
                alert("Você ACERTOU !");
                achou = true;
                break;
            }
        }

        if(achou == false) {
            alert("Você ERROU");
        }

        input.value = "";
        input.focus();
    }

    var button = document.querySelector("button");

    button.onclick = verifica;

</script>

Muito Obrigado Rômulo, eu não tinha me atentado a isso, rodei o programa aqui e funcionou sem problema algum, agradeço e forte abraço !!