As janelas apareceram antes da mensagem em html, mesmo que a mesma tenha sido escrita antes dos comandos em javascript. Achei que o navegador lia o codigo linha por linha e dessa forma o texto apareceria primeiro e logo depois as janelas?
<meta charset="UTF-8">
<h1>Bem vindo ao meu primeiro programa!</h1>
<script>
alert("Esse foi");
alert("o primeiro programa");
alert("de muitos que virão!");
</script>