<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br> <br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var vitorias = prompt ("entre com o numero de vitorias")
var empates = prompt ("entre com o numero de empates")
var ponto = vitorias * 3 + empates
mostra("Os pontos do seu time sao" + pontos)
</script> 
Oi, Joao, tudo bem?
Foi um pequeno detalhe que passou despercebido, a variável onde você alocou o cálculo var ponto não está igual dentro da função mostra que você colocou pontos, segue corrigido:
var vitorias = prompt ("entre com o numero de vitórias");
var empates = prompt ("entre com o numero de empates");
var pontos = (vitorias * 3 + empates );
mostra("Os pontos do seu time sao" + pontos);Espero ter te ajudado!
tente usar o prompt