Este código é bem simples, então vou assumir que você é quase que totalmente novo na área da programação.
Em termos de a "Convenção permite" de fato varia muito de qual delas você está falando.
Não existe somente um jeito de programar, muito menos somente uma arquitetura a ser utilizada, dito isto, a mais famosa convenção atualmente usada para o JS é o ECMASCRIPT2015 ou ECMA6, e utilizando essa documentação como padrão para seu código você trocaria a declaração de suas variáveis, ou melhor dizendo nesse contexto especifico, suas constantes.
<script>
const minhaIdade = 35
const idadeDoMeuIrmao = 30
const diferençaDeIdade = minhaIdade - idadeDoMeuIrmao
function pulalinha(){
document.write ("<br><br>");
}
function mostra(frase){
document.write(frase);
}
mostra("DIFERENÇA DE IDADE");
pulalinha();
mostra("A diferença de idade, entre meu irmão e eu, é de " + diferençaDeIdade + " anos");
</script>
Resumindo para seu contexto é totalmente Okay onde as variáveis estão.
Mas lembre-se, declarar um var no começo do seu código dessa forma que você fez, é o mesmo que declarar uma variável global, e variáveis globais permanecem em execução por todo escopo do código. Deixando assim seu código mais lento(se você pensar em um código grande e + complexo no caso)..
Então você sempre deve se perguntar "Eu preciso deste valor durante toda execução do meu programa?", ao declarar qualquer variável, e já te adiantando, na maioria das vezes você vai perceber que não vale a pena declará-las globalmente.