Esse foi o código que usei para identificar os usuários primeiro eu declarei as variáveis que são os usuários, depois eu troquei os dois primeiros else por elif.
usuario = input("Informe o usuário do sistema:")
usuario_1 = "Flavio"
usuario_2 = "Douglas"
usuario_3 = "Nico"
if(usuario == usuario_1):
print("Seja bem-vindo Flavio!")
elif(usuario == usuario_2):
print("Seja bem-vindo Douglas!")
elif(usuario == usuario_3):
print("Seja bem-vindo Nico")
else:
print("Usuário não identificado!")